Во главе футбольного воспитания Академии лежит принцип «подготовка игрока, а не команды».
Тренировочные занятия в Академии делятся на три типа: технико-тактические занятия, теоретические и психологические тренировки, физическая подготовка.
Для воспитанников Академии ФК «Зенит» работает сеть специализированных классов (7–11 классы) с продленным днем обучения и углубленным учебно-тренировочным процессом в общеобразовательной школе № 473 Калининского района Санкт-Петербурга. Игрокам Академии учеба в этой школе позволяет более плодотворно вести свою тренировочную деятельность.